Am Institut für Geschichte und Ethik der Medizin werden die historischen, theoretischen und ethischen Grundlagen medizinischen Denkens und Handelns erforscht und gelehrt. Hierzu gehören Themen wie z. B. die Herausbildung ärztlicher Praxis, die Entstehung medizinischen Wissens und die sozialen und politischen Dimensionen der Gesundheitsvorsorge und -fürsorge mit ihrer historischen Genese und ihren ethischen Implikationen.

Die Forschungsschwerpunkte reichen von der Medizin der Moderne bis zurück in die Antike, umfassen ideen-, sozial- und kulturhistorische Aspekte und wenden sich der Theorie der Medizin ebenso zu wie den Fragen der Klinischen Ethik, der Forschungsethik und der Bioethik mit medizinischen Bezügen.

Seit dem 1. Januar 2016 amtiert Axel Karenberg als kommissarischer Leiter des Instituts. Das Institut wurde 1965 eingerichtet; auf den Gründungsdirektor Wilhelm Katner, der aus Leipzig gekommen war, folgte 1971 Dieter Jetter. Von 1995 bis 2014 leitete Klaus Bergdolt das Institut, von Oktober 2014 bis Dezember 2015 Heiner Fangerau. Von 1975 bis 1985 existierte parallel eine medizinhistorische Forschungsstelle unter Marielene Putscher; von 2010 bis 2022 war in der Herderstraße 54 eine "Forschungsstelle Ethik" eingerichtet, die von Christiane Woopen geleitet wurde.

Das Institut für Geschichte und Ethik der Medizin ist seit 2005 in dem ehemaligen Kloster der Cellitinnen in der Joseph-Stelzmann-Str. 20 (Geb. 42) untergebracht. Dieser im Volksmund "Nonnenburg" genannte denkmalgeschützte Bau des Kölner Architekten Gottfried Böhm beherbergt auch das Dekanat der Medizinischen Fakultät sowie das ehemalige Oratorium (zugleich Durchgang zur Klinikkirche) und Refektorium, die heute als Unterrichtsräume bzw. für Fakultätssitzungen genutzt werden.